数学实验教学体系，由三大模块构成，分别是与数学专业理论课相匹配的数学实验课；与公共数学专业理论课相匹配的数学实验课；面向全校各类学生专门开放的综合数学实验课。三大模块分为三个层次实施，这三类实验课由于针对的学生、专业、实验目的有较大的不同，因此，实验内容、实验课开设方案，成绩考核都有很大的不同。数学实验教学中心的平台建设、组织管理、课程体系、考核方法，需要根据这种教学体系来安排。算法设计与分析实验共8学时，其中设计性实验4学时，要求学生实现一些重要的算法，以此巩固所学知识；综合性和创新性实验4学时，要求学生综合所学知识完成一定难度德实验，选用一些实际竞赛题作为实验题，这些题有一定难度，需要学生设计新的算法，这对于培养学生的创新意识很有意义。
实验课程、实验项目名称：
数学专业类实验模块：计算机文化基础；C++程序设计；数值分析实验；微分方程数值解；最优化计算方法。
公共数学实验模块：高等数学及mathematics；线性代数及Matlab；概率统计与SAS。
综合实验模块：数学建模与实验；综合数学实验；大学生创新实验计划项目。
综合性、设计性、创新性实验所占比例：
各类课的实验模式有所不同，大体上，帮助学习和理解数学概念的基础性实验占30%左右；自主设计、综合性及创新性实验占40%；数学建模实验、大学生创新实验占30%。
实验教学与科研、工程和社会应用实践结合情况：
实验中心安排高层次理论课教师担任实验教学和实验室管理工作，加强了理论教学、科学研究与实验教学的结合，提高了实验教学水平。实验中心大多数实验项目是教师结合自身的科学研究完成的。例如：蔡昭权教授主持的“基于仿生学习的多拍摄角度视频目标识别算法”（国家自然科学基金）；程晓胜博士主持的“DNA和蛋白质多面体的数学模型研究”(国家自然科学基金)；陈国培博士主持的“混合动态系统的有限时间稳定性分析及其控制”（广东省自然科学基金）；蔡昭权教授主持的“混合流量控制协议同步的IP存储扩展性能优化研究”（广东省自然科学基金）以及其他地厅级项目6项等。通过实验教学与科研和社会应用实践紧密结合，以及大量的本科生直接参与科研实践，大大地提高了实验教学水平。